Plusieurs règles sur le temps partiel thérapeutique et les congés maladie des agents de toute la fonction publique (État, territoriale et hospitalière) ont été modifiées par le gouvernement. Ces dispositions, pour la plupart régressives, ont été rejetées par l'ensemble des organisations syndicales dont l'UNSA Fonction Publique.

Temps partiel thérapeutique : instauration d'un délai d'attente de 30 jours

Le temps partiel thérapeutique (TPT) est un dispositif conçu pour favoriser le maintien dans l'emploi ou la reprise progressive d'activité. Auparavant, un agent pouvait, sur présentation d’un certificat médical, bénéficier du TPT.

Depuis le 1er aout 2026, ses modalités d'accès ont été modifiées :

• Désormais, lorsqu’un agent sollicite un temps partiel thérapeutique alors qu'il n'est pas en arrêt maladie, ou qu'il relève d'un Congé de Maladie Ordinaire (CMO), l'administration dispose d'un délai maximal de 30 jours, à réception de la demande, pour accorder ou refuser le TPT. 
• Le refus du TPT par l’administration pour raison de service ne peut intervenir sans un entretien préalable. L’agent peut être accompagné de la personne de son choix. Le refus doit être dûment notifié à l’agent et motivé.
• Le refus du TPT pour raison médicale ne peut être prononcé qu’après l’avis du médecin agréé.
• En cas de contestation de l’avis du médecin agréé par l’agent durant un TPT, celui-ci sera maintenu jusqu’à ce que le conseil médical en formation restreinte ait rendu un avis. Si cet avis est conforme à l’avis du médecin agréé, l’agent ne pourra plus le contester.
• Pour les agents en CLM, CLD, CITIS, accident du travail, la décision intervient toujours au plus tard le jour de la reprise.
• Le TPT peut être prescrit pour une période de 1 an.
• L’employeur peut demander un contrôle médical à tout moment. En cas de refus de l’agent de se soumettre à ce contrôle, ou en cas d’absence, le TPT pourra être refusé ou interrompu.

Plafonnement de la durée des arrêts et règles de prolongation

Dès le 1er septembre 2026 : 

• Un arrêt de travail ne sera accordé que par l’intermédiaire d’un formulaire Cerfa sécurisé.
• Plafonnement des durées : La durée d'une prescription initiale d'arrêt maladie est désormais limitée à 31 jours. En cas de prolongation, chaque renouvellement est plafonné à 62 jours (sauf exceptions médicales spécifiques).
• Restriction du choix du médecin prescripteur : le maintien de la rémunération ne sera poursuivi que si le renouvellement de l’arrêt de travail est réalisé par le médecin ayant rédigé l'arrêt initial (primo-prescripteur) ou par le médecin traitant (ou le cas échéant le chirurgien-dentiste ou la sage-femme).

Multiplication des contrôles 

Le gouvernement a décidé de multiplier les contrôles tout au long du parcours de soins ou du congé pour raison de santé.

• Les employeurs peuvent demander des contrôles de présence de l’agent à son domicile par toute personne mandatée à cet effet. En cas d’absence ou de refus, la rémunération peut être suspendue.
• Les médecins agréés peuvent effectuer des contrôles médicaux à distance.

Evolution des conditions de reprise et de formation

• Au-delà de 30 jours d’arrêt de travail, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut saisir le médecin du travail afin d’anticiper les conditions de la reprise du travail ou envisager des actions de formation en vue d’une reconversion.
• L'agent peut être assisté durant cette phase par la personne de son choix.
• Les agents pourront entamer ou poursuivre une formation durant un arrêt maladie après avis favorable d’un médecin agréé.

Amélioration des droits des agents

L’UNSA Fonction publique a obtenu deux dispositions spécifiques permettant une amélioration des droits des agents :

• La garantie financière en fin de CMO : Afin d’éviter une rupture soudaine de rémunération pour l’agent arrivant à l’échéance de ses droits en Congé de Maladie Ordinaire (CMO) et qui se trouve dans l'attente de la décision du conseil médical pour être dirigé vers un CLM ou CLD, l'UNSA Fonction Publique a obtenu la mise en place d’une indemnité pour l’agent. Depuis le 1er septembre, cet agent perçoit une indemnité égale au montant du traitement et, le cas échéant, des primes et indemnités qu'il percevait à l'expiration de son congé de maladie.
• Le maintien de "l'indemnité de vie chère" dans les DROM/COM : Pour les personnels affectés dans les départements et collectivités d'outre-mer et placés en CLM, CLD ou CGM, la majoration de traitement liée à la résidence géographique est désormais juridiquement intégrée à la rémunération durant la première année du congé.

Pour l’UNSA Fonction Publique, ces deux derniers points positifs ne gomment néanmoins pas le caractère punitif de ces nouvelles dispositions pour les agents publics. Le durcissement de l’accès à ces congés pour raisons de santé, le renforcement des contrôles stigmatisent l’ensemble des agents de la fonction publique. Pourtant, leur nombre d’absences pour raison de santé sont globalement inférieurs à ceux des salariés du secteur privé. Les agents publics malades ou accidentés ne doivent être la variable d’ajustement du budget de l'État.